二周目神兽分散在各个地图的特定位置，大部分需要先触发剧情才会出现。雷公、炎帝、水君在关都地区草丛随机游荡，凤王在铃铛塔顶层，洛奇亚在漩涡岛最深处，超梦在华蓝洞窟地下二层，三神鸟分别在无人发电厂、双子岛和灼热山道。
先说游荡三圣兽的抓法，很多人上来就满地图跑，结果跑断腿都碰不到几次。正确做法是卡在29号道路和46号道路的交界处，进出切换地图就能刷新圣兽位置，它们有固定概率出现在相邻区域。准备一只带黑眼神或者蛛网技能的宝可梦打头阵，遇到直接封走，不然下回合就跑了。
凤王和洛奇亚必须先拿道具。凤王要在圆朱市舞场姐妹那里拿虹色之羽，对话需要你队伍里有三圣兽中的任意一只。洛奇亚要去浅葱市拿银色之羽，NPC在宝可梦中心右边的房子里，对话完自动获得。拿到羽毛之后对应的神兽才会在塔顶或者岛底出现，没羽毛上去只有空场景。
超梦那个洞窟入口在华蓝市左上角，需要学会冲浪才能进。洞内岔路不少，走法是一直往左下走，遇到楼梯就下，到地下二层尽头就能看到超梦。它等级70，建议队伍平均65级以上再去，带够高级球和计时球，血量压到红区再丢球成功率能到三成左右。
三神鸟位置最好找。闪电鸟在无人发电厂二楼最里面，从华蓝市11号道路往右冲浪能看到发电厂大门。急冻鸟在双子岛地下四层，需要推石头挡水流才能下到底层。火焰鸟在白银山外面的灼热山道深处，从浅葱市坐船到红莲镇再往上走。
容易出错的是凤王那个触发条件，不是打完四天王就自动给羽毛，必须队伍里带着圣兽才能触发对话。还有人会在华蓝洞窟里迷路，记住每层都是左下方向走，看到往上的楼梯不要上，那是回头路。
隐藏剧情是指收集完16个徽章后回真新镇，大木博士会送你初始御三家里你没选的另外两只，等级5。这个剧情只触发一次，三选二，第三只拿不到。另外浅葱市灯塔上的电龙尾巴剧情如果一周目没做，二周目还能补，给它吃药之后馆主会送你秘传机器闪光。
如果你用的是火红叶绿版本，凤王和洛奇亚的触发方式不一样，需要通讯交换特定道具才能遇到，上面说的流程只适用于金银水晶和心金魂银版本。
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